องค์การบริหารส่วนตำบลคลองเรือ ได้รับการยกฐานะเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลมีฐานะเป็นนิติบุคคล และเป็นราชการบริหารส่วนท้องถิ่น ตามพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง จัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบล ลงวันที่ 19 มกราคม 2539 (ลำดับที่ 1741) โดยมีผู้ดำรงตำแหน่งบริหารดังนี้

         1. นายบุญนาค คัมภิรานนท์ ตำแหน่ง กำนันตำบลคลองเรือ ดำรงตำแหน่งเมื่อวันที่ 19 มกราคม 2539-24 กรกฎาคม 2542

          2. นายแสวง สุขแดง ตำแหน่ง นายกองค์การบริหารส่วนตำบลคลองเรือ ดำรงตำแหน่งเมื่อ 25 กรกฎาคม 2542 - 24 กรกฎาคม 2551

          3. นายทิพย์ชยภล เพทายวิราพันธ์ ตำแหน่ง นายกองค์การบริหารส่วนตำบลคลองเรือ ดำรงตำแหน่งเมื่อ 7 กันยายน 2551 - ปุัจจุบัน